Centro de Estudios Arqueológicos (1969– ca. 1990). Fundado por iniciativa de Antonio Taddei, sesionó durante muchos años en la sede del Museo Nacional de Historia Natural en el ala oeste del Teatro Solís. Entre sus socios se nucleó un grupo de personas interesadas en el tema, muchos de los cuales quedaron vinculados al Museo y continúan en actividad como investigadores.

Centro de Estudios de Ciencias Naturales (1945–). Sociedad fundada por Francisco Oliveras con el principal objetivo de promover el interés por las cosas de la naturaleza. Supo reunir entre sus miembros a un gran número de docentes, principalmente maestros, y a vocacionales por la historia natural, algunos de los cuales se cuentan entre los colaboradores del Museo, como Amato, Gerzenstein, Langguth, etc. Tiene su sede en dependencias de la División Antropología. Buena parte de sus colecciones de vertebrados fueron incorporadas a las del Museo Nacional de Historia Natural.

Grupo de Exploración y Reconocimiento Geográfico del Uruguay (1969–). Fundada por iniciativa de un grupo de personas interesadas por los estudios geográficos y el medio ambiente, esta sociedad se reunía regulamente en la sede del Museo Nacional de Historia Natural. Entre sus principales actividades esta el dar cursos y conferencias y realizar excursiones a diferentes localidades del país para tener un mejor conocimiento de la realidad geográfica uruguaya. En 1973, conjuntamente con el Museo, organizó unas Jornadas Informativas sobre el Río de la Plata y Aguas Adyacentes, cuyos resultados se publicaron en 1975.

Sociedad Amigos de la Arqueología (1926–1980?). A pesar de su nombre, desde el primer momento el espectro de sus actividades fué mucho más amplio. Salvo en los últimos años, ya en decadencia, sus miembros se reunían en la sede del Museo Nacional de Historia Natural. Desde 1927 hasta 1979 publicó 17 volúmenes de su Revista, la que incluye valiosos aportes a la Arqueología, Arquitectura colonial, Historia, Numismática, Paleontología, etc.

Sociedad de Antropología del Uruguay (1951-1966). Se fundó en 1951 por un grupo de científicos y se reunió durante algún tiempo en el Museo Nacional de Historia Natural, luego en el Instituto de Estudios Superiores y más tarde, nuevamente en el Museo. Entre sus principales actividades figura la organización de las Semanas de Antropología, jornadas científicas de carácter internacional que se realizaron sucesivamente en dichos locales en los años 1958, 1960, 1961, 1964 y 1965. Además publicó un Boletín del cual salieron dos números en 1955 y 1956.

Sociedad Guazubirá (1962–1973). Esta sociedad, supo agrupar a un núcleo de aficionados a las ciencias naturales, entre los que se destaca nuestro Colaborador Honorario José Abente. A pesar de su denominación, nombre vernáculo de un ciervo autóctono: Mazama gouazoubira, estuvo principalmente orientada hacia los estudios ornitológicos. Cuando sus asociados resolvieron la disolución, sus colecciones (más de 700 aves, de las cuales seis eran nuevas para el país, y un centenar de mamíferos) fueron donadas al Museo Nacional de Historia Natural. Esta Sociedad no tuvo una publicación propia.

Sociedad Malacológica del Uruguay (1957–). Fundada por M. A. Klappenbach, E. H. Ureta y E. Duarte, es la pionera en esta rama de las ciencias en América del Sur. Inicia la publicación de sus Comunicaciones en 1961, la que sigue saliendo hasta la fecha, y la coloca en una situación de privilegio entre las revistas científicas privadas del país. La Sociedad reúne tanto a investigadores como a aficionados y coleccionistas. Parte de su biblioteca no especializada fue cedida para enriquecimiento de nuestra Biblioteca Central.

Sociedad Taguató (1958–1961). Con el nombre guaraní del águila mora (Geranoaetus melanoleucus), esta sociedad fue fundada por un grupo de entusiastas jóvenes vocacionales de las ciencias naturales, contó entre sus socios a varios destacados investigadores, como Juan Cuello (Aves) y Ricardo Praderi (Cetáceos). Durante su corta vida publicó cuatro números de su Boletín, con contribuciones de sus miembros, principalmente sobre ornitología, botánica y mastozoología. Cuando se disolvió, sus colecciones pasaron a integrar el acervo del Museo Nacional de Historia Natural.

Sociedad Uruguaya de Entomología (1956–1975?). Creada por iniciativa de un grupo de destacados investigadores y aficionados al mundo de los insectos, tuvo una vida relativamente efímera. Durante sus aproximadamente dos décadas de existencia llegó a publicar siete volúmenes de su Revista (entre 1956 y 1968). En la década de los ‘70, su biblioteca especializada pasó a integrar la Biblioteca del Museo Nacional de Historia Natural.

Sociedad Zoológica del Uruguay (1961–1974; 1981–). Originalmente creada por una acción conjunta de zoólogos pertenecientes al Museo Nacional de Historia Natural y de la Facultad de Humanidades y Ciencias, se reunía alternativamente en ambas instituciones. Hoy, en su segunda época, sigue funcionando en el ámbito de la Facultad de Ciencias. Desde 1971 publica un Boletín de aparición irregular.