La colección de mamíferos del Museo tiene su origen en una pequeña serie de ejemplares en piel, fundamentalmente roedores, formada a fines del siglo XIX por J. H. Figueira. A partir de 1954 J. I. Muñoa inicia la colecta de buenas series de especímenes, labor que continúa y acrecienta A. Ximénez en la década del '60, contando con la colaboración de J.C. González y A. Langguth entre otros. Por esos años el acervo de la sección se ve enriquecido con la incorporación de varias colecciones privadas, tales como la de la Sociedad Taguató, la Sociedad Guazubirá, la del Centro de Estudios de Ciencias Naturales y las de los Sres. J. J. Uraga-Blengio y E. F. Acosta y Lara, especializadas las dos últimas en quirópteros.

Cuenta con alrededor de 6000 ejemplares, representantes de todas las especies de mamíferos,  conocidas hasta el momento,  que habitan nuestro territorio. Cuenta además con numerosos ejemplares exóticos.

Dicho material fue obtenido mediante canjes o colectado en diversas expediciones realizadas por el Museo y/o sus colaboradores. Ejemplo de ello son los ejemplares colectados por Alejandro Pesce en el año 1953 en la Ilha do Bananal (Estado de Goiás, Brasil), en las fotos se observa al colector junto a un "Tapir" (izquierda) y a un "Jaguar" (derecha). Estos ejemplares están catalogados con los Nros. 701 y 313, respectivamente.

La colección continúa en constante crecimiento, en los últimos años ha incrementado significativamente su número gracias al aporte de los Colaboradores Honorarios del Museo, destacándose especialmente E. M. González y los integrantes del grupo GIM.

Desde principios de 1990 se comienza con la informatización de la colección, tarea llevada a cabo por Javier González, lo cual la convirtió en la primer colección científica nacional en tener sus catálogos totalmente digitalizados ya en el año 1992. El ingreso de información es continuado luego de 2004 por E. M. González y colaboradores.

Cajoneras de la colección de Quirópteros, los cajones de color negro y el que se observa abierto corresponden a la colección particular de Eduardo F. Acosta y Lara.

Ejemplar de Chrysocyon brachyurus  (Aguará-guazú), éste es el primer registro en colecciones nacionales, ya que hasta el momento de la colecta de este ejemplar sólo existían algunas referencias escritas y verbales, pero controvertidas sobre su presencia en nuestro país.

Piel de Chrysocyon bradyurus y cráneo del ejemplar (izquierda) junto a un cráneo de Lycalopex gymnocercus, conocido comunmente como Zorro Gris o Zorro de campo, donde se aprecia claramente la diferencia de tamaño entre ambos.

Fué capturado en el bañado del A°  Amarillo, casi en su desembocadura en el Río Uruguay, Departamento de Río Negro por el Sr. Jorge Montañez mediante una trampa de lazo (cimbra). La captura casual de este ejemplar permitió confirmar definitivamente su existencia en nuestro territorio.
Se trata de un macho adulto, lleva el N° 3259 de la colección de mamíferos y se conservan la piel y el esqueleto completo.

Es un cánido característico de campos recubiertos por altos pastizales, pajonales y matorrales cercanos a zonas de bañados. Se alimenta principalmente de aves,  mamíferos, batracios y reptiles, es de hábitos noctámbulos, es muy desconfiado y posee gran agudeza de sentidos y una carrera bastante veloz. Estos animales miden aproximadamente 70 cm de alzada y un largo total de 1.30 mts.

Proyectos en conjunto con otras instituciones

Base de Datos de los Mamíferos de la Reserva de Biosfera Humedales del Este. Proyecto conjunto con PROBIDES y la ONG Vida Silvestre Uruguay.