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La colección cobra significado científico, organización e incremento a partir del año 1955, fecha en que se incorpora al Museo el malacólogo Miguel A. Klappenbach. Prima en la colección la malacofauna uruguaya que se ha enriquecido con donaciones de museos europeos, de EEUU, de Brasil y de otros países, a las que se suman donaciones como las de Antonio Formica Corsi y de la Sociedad Malacológica del Uruguay.
El valor de los más de 15.000 lotes de moluscos marinos, terrestres y dulceacuícolas, radica, no en el aspecto estético de los especímenes, sino en que son una excelente muestra representativa de la fauna de moluscos de la region y en que cuenta con numerosos ejemplares-tipo, particularmente de bivalvos y gastrópodos como los holotipos de Americominella duartei Klappenbach & Ureta (foto izquierda) y de Olivancillaria carcellesi Klappenbach (foto derecha).
Entre los colaboradores que han contribuido al enriquecimiento y conservación de la colección, deben destacarse Mario Demicheli, Eliseo Duarte, José Olazarri y Elías H. Ureta, entre otros. La Sección cuenta además con una valiosa Biblioteca Sectorial, integrada, además de por los propios materiales bibliográficos del Museo, por los legados de Formica Corsi y de Klappenbach, entre otros.
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